Το νέο ξεκίνημα 

Τον Αύγουστο του 2017 πάρθηκε η απόφαση για συμπόρευση της ΠΑΕ Κισσαμικός με τον Ερασιτέχνη ΑΟ Χανιά και κατά συνέπεια η ΠΑΕ άλλαξε τον διακριτικό της τίτλο σε ΠΑΕ ΑΟ Χανιά-Κισσαμικός. 

Τη σεζόν 2017-2018 με το νεανικότερο ρόστερ στην κατηγορία και με τον μικρότερο ηλικιακά προπονητή (Γιώργος Πετράκης) σε επαγγελματικές κατηγορίες η ομάδα πραγματοποίησε εξαιρετική πορεία στο πρωτάθλημα της Football League, καταλαμβάνοντας την 4η θέση. Μάλιστα βρέθηκε κοντά στην άνοδό της στη Super League με βάση την αναδιάρθρωση που προτάθηκε από τον Υφυπουργό Αθλητισμού, η οποία όμως δεν “προχώρησε”.  

Η επόμενη σεζόν βρήκε την ομάδα στην 6η θέση που της έδωσε τη δυνατότητα να συμμετάσχει στη νέα κατηγορία που δημιουργήθηκε, τη Super League 2.

Από τη σεζόν 2019-2020 η ομάδα φέρει τον διακριτικό τίτλο ΠΑΕ Χανιά κάνοντας ένα νέο ξεκίνημα. Ενας νομός, μια καρδιά, μια ομάδα!

Η Ιστορία του Κισσαμικού

Ο Ποδοσφαιρικός Γυμναστικός Σύλλογος Κισσαμικός, από τα παλαιότερα αθλητικά σωματεία της Κρήτης ιδρύθηκε το 1926 και έκανε το πρώτο επίσημο καταστατικό του το 1949. Συγκροτήθηκε σε σωματείο ΠΓΣ ΚΙΣΣΑΜΙΚΟΣ την 5-6-1951 από 22 επώνυμους της εποχής Καστελιανούς.

Έχει κατακτήσει 4 φορές το πρωτάθλημα στην Α’ κατηγορία της Ε.Π.Σ. Χανίων (1993-1994, 1996-1997, 2000-2001, 2011-2012) μία φορά το Κύπελλο της Ε.Π.Σ.Χ. (1998-1999 με 6-5 στα πέναλτι κόντρα στον ΑΟΧ/Παγχανιακό) και μία φορά το Super Cup της Ε.Π.Σ.Χ. (2012 με 4-2 απέναντι στο Μινώταυρο).

Τη σεζόν 2013-2014 θα συμμετέχει για πρώτη φορά στην ιστορία του στη Γ’ Εθνική κατηγορία, όπου καταλαμβάνει την 4η θέση στον 5ο όμιλο.

Τη σεζόν 2014-2015 μετά από εκπληκτική πορεία θα στεφθεί πρωταθλητής στον 4ο όμιλο της Γ’ Εθνικής, εξασφαλίζοντας για πρώτη φορά στην ιστορία του την άνοδο σε επαγγελματικές κατηγορίες.

Τη σεζόν 2015-2016 μετέχει για πρώτη φορά στην ιστορία του στο πρωτάθλημα της Football League, καταλαμβάνοντας την 6η θέση στον βαθμολογικό πίνακα. 

Η δράση του Κισσαμικού είναι έντονη και στα τμήματα υποδομής, τα οποία συμμετέχουν και διακρίνονται στα αντίστοιχα πρωταθλήματα που διοργανώνει η ΕΠΣ Χανίων, ενώ υπάρχει και η θυγατρική ομάδα Α.Σ. Νέος Κισσαμικός, που επίσης συμμετέχει στα παιδικά πρωταθλήματα, αλλά και στο πρωτάθλημα της Γ’ Κατηγορίας.

Η Ιστορία του ΑΟ Χανιά

Ιδρύθηκε το 1945 και το 1970 στην πρώτη μετά ΑΟΧ εποχή μετείχε στην τότε Β’ Εθνική, καταλαμβάνοντας την 11η θέση στον Α’ όμιλο. Η παρουσία του στη Β’ Εθνική ήταν συνεχής μέχρι και τη σεζόν 1979-80, με καλύτερες πορείες αυτές των σεζόν 1971-72 (3η θέση στον Α’ όμιλο) και 1974-75 (4η θέση στον Α’ όμιλο). Το 1980 καταλαμβάνει τη 2η θέση στον 1ο όμιλο της Γ’ Εθνικής και επανέρχεται άμεσα στη Β’ Εθνική, όπου παραμένει μέχρι και το 1983, όταν και υποβιβάζεται λόγω αναδιάρθρωσης κατηγοριών.

Ακολουθούν δύο χρονιές στη Γ’ Εθνική και ο υποβιβασμός στα τοπικά πρωταθλήματα το 1986. Επανέρχεται στη Δ’ Εθνική το 1988 και στη Γ’ Εθνική το 1993. Το 1996 έρχεται ο υποβιβασμός στη Δ’ Εθνική και στη συνέχεια η ομάδα οδηγείται μέχρι τη Γ’ τοπική κατηγορία.

Τη σεζόν 2004-2005 με την απορρόφηση του ΑΟΧ 2004 η ομάδα συμμετέχει στην Α’ τοπική κατηγορία και την επόμενη χρονιά παίρνει τη θέση της ΑΕ Χανίων στη Δ’ Εθνική.

Στο τότε Περιφερειακό πρωτάθλημα μένει μέχρι και τη σεζόν 2009-10, όταν και κερδίζει το πρωτάθλημα στον 10ο όμιλο και την άνοδο στη Football League 2. Τη σεζόν 2012-13 ο ΑΟΧ πανηγυρίζει την ιστορική άνοδο στη Football League και την επόμενη χρονιά φτάνει μία… ανάσα και από τη διεκδίκηση της ανόδου στη Super League. Τη σεζόν 2016-2017 παρότι η ομάδα αγωνιστικά κέρδισε την παραμονή της, τελικά υποβιβάστηκε λόγω της κατάπτωσης της εγγυητικής.

League.