Ο Α.Π.Σ. Ζάκυνθος ιδρύθηκε το 1969, ύστερα από συγχώνευση δύο σωματείων του νησιού, του Απόλλωνα και του Αχιλλέα. Στο σήμα, ωστόσο, της ομάδας αναγράφεται η ημερομηνία 1961, που στην πραγματικότητα πρόκειται για το έτος ίδρυσης ενός εκ των δύο ιδρυτικών συλλόγων.
Τα χρώματα που επέλεξε η ομάδα, είναι το κίτρινο και το μπλε.

Το καλοκαίρι του 2017, μετονομάστηκε σε ΑΠΣ Ζάκυνθος 1961, μετά από συγχώνευση με τον Ζακυνθιακό ΑΟΠ, κατακτώντας το πρωτάθλημα της ΕΠΣ Ζακύνθου και την άνοδο στη Γ' Εθνική.

Στη Γ’ Εθνική μετρά 6 συμμετοχές (2006-07, 2008-09, 2009-10, 2010-11, 2011-12, 2012-13), ενώ στη Football League, αγωνίστηκε για πρώτη φορά τη σεζόν 2013-2014 και έμεινε για άλλες δύο σεζόν (2014-15 και 2015-16), όταν και υποβιβάστηκε, χωρίς όμως να δηλώσει συμμετοχή στο πρωτάθλημα της Γ’ Εθνικής, μετά από δικαστική διαμάχη για παραμονή στη δεύτερη κατηγορία.