Ο Ιωνικός ιδρύθηκε το 1965 ύστερα από συγχώνευση της Κοκκινιάς και της Α.Ε Νίκαιας. Για πρώτη φόρα στην ιστορία κατάφερε να αγωνιστεί στην Α’ Εθνική το 1989. Τα πρώτα χρόνια στη μεγάλη κατηγορία  ήταν αρκετά δύσκολα, με την ομάδα να δυσκολεύετε να καθιερωθεί σε αυτή. Από το 1995 μέχρι το 2007  ο σύλλογος της Νίκαιας κατάφερε την καθιέρωση στα μεγάλα σαλόνια,  επιτυγχάνοντας  μάλιστα να αγωνιστεί στην Ευρώπη για τα προκριματικά του Κυπέλλου UEFA την περίοδο 1999-2000 χωρίς όμως να καταφέρει να προκριθεί. Μία ακόμα επιτυχία ήταν η συμμετοχή του στον τελικό του Κυπέλλου Ελλάδας το 2000 με αντίπαλο την ΑΕΚ όπου γνώρισε  την ήττα με 3-0. Από το 2007 και μετά ο Ιωνικός είχε καθοδική πορεία και τώρα αγωνίζεται στη Γ’ Εθνική.