Ο Μακεδονικός είναι ένα δημιούργημα οραματιστών βιοπαλαιστών της προσφυγικής Θεσσαλονίκης. Το 1928 με την αρχική ονομασία Προσφυγική Ένωση Θεσσαλονίκης μπαίνει δυναμικά στον χώρο κατατασσόμενη, ως νεοϊδρυθείσα ομάδα, στην Γ’ κατηγορία του τοπικού πρωταθλήματος της ΕΠΣΜ-Θ, αντί της ΑΕΚ Θεσσαλονίκης. Το 1936 αποτελεί χρονιά σταθμός για το σύλλογο που μετονομάζεται σε Μακεδονικός, υιοθετώντας το όνομα της ομάδας που δύο χρόνια πριν είχε διαλυθεί. Το 1975 μετονομάστηκε σε Α.Π.Σ. Μακεδονικός Νεάπολης μετά τη συγχώνευση με τη Δόξα Νεάπολης. Το 1946-47 συμμετείχε στο Πανελλήνιο πρωτάθλημα, και για πρώτη και μοναδική φορά συμμετείχε στην Α’ Εθνική το 1982-83. Τα επόμενα χρόνια έπαιξε σε Β’, Γ’ και Δ’ Εθνική. Το 2015-16 κατέκτησε το Κύπελλο ΕΠΣ Μακεδονίας και την επόμενη σεζόν το πρωτάθλημα, που του έδωσε την άνοδο στη Γ’ Εθνική.