Ο Εορδαϊκός ιδρύθηκε το 1978, μετά και τη συγχώνευση των δύο ομάδων της Πτολεμαΐδας, τον Άρη Πτολεμαΐδας και του “Πτολεμαίου. Η σημερινή του ονομασία τέθηκε σε ισχύ από το 2007, όταν και μετονομάστηκε από ΠΑΕ Πτολεμαΐδα-Λιγνιτωρύχοι.

Η ομάδα της Πτολεμαΐδας έχει μεγάλη παρουσία στη Β’ και τη Γ’ Εθνική, χωρίς να έχει καταφέρει στην έως τώρα ιστορία του να αγωνιστεί στη μεγάλη κατηγορία.

Από τη σεζόν 1995-96 έως και τη σεζόν 2006-07 συμμετείχε στις ερασιτεχνικές κατηγορίες, όταν και κατάφερε να επιστρέψει για τις επόμενες τέσσερις σεζόν στη Γ’ Εθνική.  Υποβιβάστηκε την περίοδο 2010-11, όπου και μετά και την τετραετή συμμετοχή του στα ερασιτεχνικά πρωταθλήματα (2011-12 έως 2014-2015) επέστρεψε στη Γ’ Εθνική τη σεζόν 2015-16.