Ο Φιλοπροοδευτικός Αθλητικός Σύλλογος Νάουσα, ιδρύθηκε το 1962 από τη συνένωση των σωματείων του «Παναουσαϊκού» και του «Ολυμπιακού».

Σε όλη τη μακρόχρονη ιστορία του συλλόγου, έχει δημιουργήσει ιδιαίτερα ανταγωνιστικές ομάδες, έχοντας διεκδικήσει την άνοδο στη μεγάλη κατηγορία. Η μοναδική παρουσία του πάντως στα μεγάλα σαλόνια, ήρθε τη σεζόν 1993-94, με την κατάληξη να είναι ο υποβιβασμός της ομάδας στη Β’ Εθνική.

Μετά από δύο χρόνια παρουσίας στα τοπικά πρωταθλήματα, ο Φ.Α.Σ. Νάουσα επέστρεψε τη σεζόν 2016-17 στη Γ’ Εθνική.