O ΠΑΟ Κουφαλίων ιδρύθηκε το 1964 από συγχώνευση του Άρη και του Ηρακλή Κουφαλίων.
Μεγάλη στιγμή στην ιστορία του συλλόγου ήταν η κατάκτηση του τοπικού πρωταθλήματος το καλοκαίρι του 1975, διεκδικώντας την άνοδο στη Β’ εθνική από τον Ρήγα Φεραίο, την οποία έχασε σε αγώνα μπαράζ που είχε διεξαχθεί στην Κοζάνη. Τη σεζόν 2017-18 κατέκτησε το πρωτάθλημα της Α1 ΕΠΣΜ και πανηγύρισε την άνοδο στη Γ' Εθνική.
Σπουδαίοι παίκτες ξεπήδησαν από την ομάδα των Κουφαλίων, όπως οι Μουρατίδης (ΠΑΟΚ, Νάουσα), Φάνης Αθανασιάδης (Άρης), Παπαχριστούδης (ΠΑΟΚ), Γάκης (Άρης, Παναιτωλικός, Καστοριά), Παπαμιχαήλ (Δόξα Δράμας, Πανιώνιος), Γιαννακούλας (Παναθηναϊκός, Κόρινθος, Μακεδονικός), Γκιτσιούδης (Ηρακλής, ΠΑΟΚ), Νεντίδης (Ολυμπιακός, Απόλλων Καλαμαριάς, Ηρακλής) και Φυτανίδης (Απόλλων Καλαμαριάς, Αστέρας Τρίπολης, Ατρόμητος).