O Αιολικός ιδρύθηκε στις 17 Αυγούστου του 1975 από τη συγχώνευση των τοπικών ομάδων της Μυτιλήνης, Άτλαντα και Απόλλωνα. Τα βασικά χρώματά του είναι το άσπρο και το μπλε, ενώ για σήμα έχει την ασπίδα και τη δάφνη.  

Το όνομα προήλθε από τους Αιολείς και εμφανίστηκε για πρώτη φορά σαν ποδοσφαιρικός σύλλογος στη Σμύρνη της Μικράς Ασίας το 1890, με μία ομάδα Ελλήνων, που έδινε αγώνες κόντρα σε Άγγλους ναύτες.

Καλύτερες σεζόν ήταν το 1981-82, όταν ανέβηκε στη Β' Εθνική ως πρωταθλητής της Ερασιτεχνικής Κατηγορίας και τερμάτισε στην ένατη θέση και το 1984-85 που βρέθηκε στην όγδοη θέση. Στη συνέχεια, τα οικονομικά προβλήματα έφεραν την ομάδα σε Δ' Εθνική και Α' τοπικά, αλλά τα τελευταία χρόνια κατάφερε να πάρει ξανά την άνοδο στη Γ'.