Η ΑΕΕΚ ΙΝΚΑ είναι μία ομάδα με μόλις οκτώ χρόνια ο ζωής, μιας και ιδρύθηκε το 2009 από εργαζόμενους στα καταστήματα του Προμηθευτικού και Καταναλωτικού Συνεταιρισμού ΙΝ.ΚΑ. Σε αυτά τα λίγα έτη υπαρξής της έχει καταφέρει πολλά, καθώς από την Γ’ κατηγορία του Τοπικού Πρωταθλήματος Χανίων έχει φτάσει να αγωνίζεται την σεζόν 2016 – 2017 στη Γ’ Εθνική Κατηγορία. Την περίοδο 2015 – 2016 κατέκτησε το πρωτάθλημα της Α’ κατηγορίας της Ε.Π.Σ Χανίων και έφτασε μέχρι τα προημιτελικά του Κυπέλλου.