Η Αθλητική Ένωση Καραϊσκάκης δημιουργήθηκε με την συγχώνευση τριών σωματείων, του Αετού Διασέλλου, της Ομόνοιας Πέτρας και του Α.Ο. Άρτας. Από το 2012 μέχρι σήμερα, η ομάδα του νομού Άρτας, έχει ανοδική πορεία. Το 2012, συμμετείχε στο πρωτάθλημα της Δ’ Εθνικής, τερματίζοντας 7η θέση στον όμιλό της, που σήμαινε άνοδο στη νεοσύστατη Γ’ Εθνική.
Τον πρώτο χρόνο της, κατέλαβε την τέταρτη θέση στον όμιλο, καταγράφοντας μια καλή σεζόν. Όμως, τη σεζόν 2014-2015 έκανε την καλύτερή της πορεία από ποτέ, καθώς έχασε την άνοδο για έναν βαθμό από τα Τρίκαλα, κάτι που επαναλήφθηκε και την επόμενη σεζόν, χάνοντας το εισιτήριο για τη Football League από τον Αιγινιακό. Τον Σεπτέμβριο του 2016, βγήκε κοινή ανακοίνωση από τις Γ.Α.Σ. Αναγέννηση Άρτας και Α.Ε. Καραϊσκάκης για συνεργασία και κοινή πορεία.